Σπούδασε θεολογία και Φιλολογία στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, Μετά το πέρας των σπουδών του (1872) επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη και διορίστηκε καθηγητής στη Θεολογική Σχολή Χάλκης. Το 1879 φεύγει για σπουδές στην Γερμανία , Πανεπιστήμιο Μονάχου, από όπου έλαβε το διδακτορικό του δίπλωμα (1884). Επέστρεψε και διορίστηκε από τον Πατριάρχη Ιωακείμ Γ΄ διευθυντής της Ιερατικής Σχολής των Βλαχερνών. Το 1889 εξελέγη Μητροπολίτης Αγχιάλου , την οποία υπηρέτησε άριστα με τις χριστιανικές και ανθρωπιστικές αρετές. Παρέμεινε έως τα 1906. Έζησε τις ταραχές και την πυρπόληση και καταστροφή της Αγχιάλου, (κάηκε η μεγάλη του Βιβλιοθήκη) από τους Εξαρχικούς. Εστάλη τότε στην Κύπρο ως Πατριαρχικός Έξαρχος για τακτοποίηση θεμάτων διαδοχής του επισκοπικού θρόνου. Στη συνέχεια (1909) διορίσθηκε Μητροπολίτης Πελαγονίας και Νικαίας. Δυστυχώς αντιμετώπισε τις φοβερές συνέπειες της Μικρασιατικής καταστροφής και βίωσε το δράμα του εκπατρισμού και των πληθυσμιακών ανταλλαγών.

Το 1925 ο Βασίλειος εξελέγη τοποτηρητής του Πατριαρχικού Οικουμενικού Θρόνου, λίγους μήνες αργότερα η ιερά Σύνοδος τον εξέλεξε Οικουμενικό Πατριάρχη (13.7.1925).

Ο Βασίλειος Γ΄ υπήρξε θαρραλέος μεταρρυθμιστής και ισορροπιστής στις σχέσεις μεταξύ των εκκλησιών. Επιλεκτικά αναφέρουμε, τον γάμο των κληρικών, την αναγνώριση του Πατριαρχείου της Ρουμανίας, την ανάθεση στην εκκλησία της Ελλάδος της διοίκησης των Νέων Χωρών, την αλλαγή του ημερολογίου. Άφησε πλούσιο θεολογικό συγγραφικό έργο.