Σπούδασε στη Σχολή Ευελπίδων. Πολέμησε στην Αλβανία ως Ανθυπολοχαγός. Διέφυγε στη Μέση Ανατολή και εντάχτηκε στον Ιερό Λόχο, πολέμησε ως υπολοχαγός στις επιχειρήσεις του Ανατ. Αιγαίου. Το 1944 εισήλθε με τον απελευθερωτικό Στρατό στην Αθήνα. Πολέμησε στην Κορέα. Διετέλεσε εκπαιδευτής στη Σχολή Ευελπίδων. Διοικητής Μοίρας Καταδρομών. Ιδρυτής και Δ/της της Σχολής Αλεξιπτωτιστών (1955-59).

Ως Ταξίαρχος το 1967, δεν απεδέχθη την δικτατορία των Συνταγματαρχών και απετάχθη από το στράτευμα. Εξορίστηκε και φυλακίστηκε Σέριφο, Σαμοθράκη και Θέρμο Τριχωνίδας. Το 1976 πήγε στις ΗΠΑ όπου και παρακολούθησε σειρά πανεπιστημιακών επιμορφωτικών σεμιναρίων κοινωνιολογίας, διοίκησης επιχειρήσεων, πολιτικών επιστημών και διεθνών σχέσεων.

Επέστρεψε στην Ελλάδα και διορίστηκε (αμισθί) ως Πρόεδρος της Γενικής Τράπεζας, του Μετοχικού Ταμείου στρατού, του ΝΙΜΙΤΣ και των ΕΛΤΑ. Ήταν επίσης αντιπρόεδρος της Αθηναϊκής Λέσχης και Δ/της της Ν. Δημοκρατίας. Ο Παπαθανασίου τιμήθηκε για την γενναιότητα και τον πατριωτισμό του 34 φορές με μετάλλια, παράσημα και διακρίσεις από την πατρίδα αλλά και από τα Ηνωμένα Έθνη, ΗΠΑ, Κορέα, έξ από αυτά ήταν Χρυσά Αριστεία Ανδρείας.