Καταγόταν από παλιά Κεφαλλονίτικη οικογένεια και γεννήθηκε στην Ιθάκη όταν ο πατέρας του ήταν έπαρχος. Η οικογένεια αντιμετώπισε οικονομικά προβλήματα όταν ο πατέρας έχασε τη θέση του. Τέλειωσε το σχολείο στην Κεφαλονιά και στη συνέχεια εισήλθε στην Σχολή Ευελπίδων 1885, μετά 5 χρόνια σπουδών εξήλθε με τον βαθμό του Ανθυπολοχαγού του μηχανικού. Συνέχισε τις σπουδές του στη Σχολή Μηχανικών και μετά μετετέθη στο Ναύπλιο.
Το 1897 και ενώ υπηρετούσε στο Υπουργείο Στρατιωτικών υπεύθυνος εμπιστευτικών αρχείων, γνωρίστηκε με τον διάδοχο Κωνσταντίνο. Πολέμησε στον ελληνοτουρκικό πόλεμο του 1897. Στη συνέχεια με υποτροφία του Βασιλέως συμπλήρωσε τις σπουδές του στην Πολεμική Ακαδημία του Βερολίνου και αποφοίτησε με διακρίσεις το 1902. Επηρεάστηκε από τον Πρωσικό μιλιταρισμό. Επέστρεψε και διορίστηκε στο νεοσύστατο Γενικό Επιτελείο Στρατού.
Γνωρίστηκε με τον Βίκτωρα Δούσμανη και τον πρίγκηπα Ανδρέα. Το 1906 προήχθη σε Λοχαγό . Στη συνέχεια δίδαξε τον πρίγκηπα Γεώργιο, στρατιωτική ιστορία και τακτική. Με την επανάσταση του Γουδί 1909 μετατέθηκε στη Λάρισα. Όμως το 1910 ο Ελ. Βενιζέλος αναγνωρίζοντας τα προσόντα του τον κάλεσε ως υπασπιστή του και σε θέση εκπροσώπου του στις συνεννοήσεις με το παλάτι. Πριν από τους Βαλκανικούς πολέμους εκπροσώπησε την Ελλάδα σε συμφωνίες με τους Βουλγάρους και Σέρβους. Συμμετείχε σε όλες τις Βαλκανικές συγκρούσεις και απέκτησε μεγάλη δύναμη αλλά και επιτελική γνώση. Μαζί με τον Δούσμανη παρέλαβαν την Θεσσαλονίκη από τον Ταξίν Χασάν Πασά.
Συνέχισε να ηγείται μεγάλων μονάδων στην Ήπειρο και στην κατάληψη του Μπιζανίου και των Ιωαννίνων. Το 1913 προάγεται σε Ταγματάρχης και διοικητής του επιτελείου. Στον 2ο Βαλκανικό πόλεμο εναντίον των Βουλγάρων θα διακριθεί και πάλι, προάγεται σε Αντισυνταγματάρχη και τιμήθηκε με τον Χρυσό Σταυρό του Σωτήρος. Το 1915 θα διαφωνήσει με τον Βενιζέλο για την ανάμιξη της Ελλάδος στην πλευρά της Ανταντ, ο ίδιος ήταν υπέρ της Γερμανίας μαζί με τον Βασιλέα Κωνσταντίνο. Ο Μεταξάς θα αποστρατευθεί με τον βαθμό του Συνταγματάρχη.
Αρχίζει ο έντονος και καταστροφικός διχασμός (Βενιζέλος – Βασιλεύς Κωνσταντίνος). Πολλοί πρώην Βασιλικοί αξιωματικοί οργανώνονται σε ομάδες και θα ονομαστούν Επίστρατοι, αυτοί θα καταδιώκουν τους Βενιζελικούς σε μια περίοδο μεταξύ 1917-20. Με την έκπτωση του βασιλέα Κωνσταντίνου και την εξορία του πολλοί αξιωματικοί και πολιτικοί θα εξοριστούν στην Κορσική. Δραγούμης, Μεταξάς, Πεσματζόγλου κ.α Μετά την παλινόρθωση της Μοναρχίας, θα επιστρέψουν και πάλι στην Ελλάδα (1920).
Το 1921 ο Μεταξάς θα ανακληθεί στο στράτευμα θα του απονεμηθεί ο βαθμός του Αντιστρατήγου και θα αποστρατευθεί. Στην κυβέρνηση έχουμε πρωθυπουργό τον Ράλλη, Στρατιωτικών τον Γούναρη, τον Ξενοφ. Στρατηγό και άλλους, οι οποίοι καλούν τον Μεταξά για να τους βοηθήσει στην σχεδιαζόμενη Μικρασιατική εκστρατεία. Εκείνος όμως διαχωρίζει τη θέση του και δεν συμμετέχει σε μια καταδικασμένη ενέργεια όπως τους είπε. Η καταστροφή ήταν τραγική. Τα γεγονότα που ακολούθησαν ήταν συγκλονιστικά, Δίκη των Εξ, Προσφυγιά, επανάσταση, κατάργηση της Βασιλείας, επανάσταση των φιλομοναρχικών Λεοναρδόπουλου – Γαργαλίδη –Μεταξά (1923), δημοψήφισμα Παπαναστασίου (1924). δικτατορία του Παγκάλου (1924).
Ο Μεταξάς ίδρυσε το Κόμμα των Ελευθεροφρόνων. Με αυτό και σε συνεργασία με την κυβέρνηση Ζαΐμη (1926) θα υπουργοποιηθεί ως υπουργός Συγκοινωνιών και αργότερα (1928) εσωτερικών. Θα ακολουθήσουν χρόνια απομόνωσης αλλά το 1935 επανέρχεται στην πολιτική και λόγω αστάθειας και σχετικής ισοψηφίας θα διοριστεί από τον βασιλέα Γεώργιο Β΄, υπουργός των Στρατιωτικών. Έτσι αρχίζει και η πορεία προς την 4η Αυγούστου και την ανάληψη της πρωθυπουργίας λόγω αιφνίδιου θανάτου του πρωθυπουργού Κ. Δεμερτζή. Η κυβέρνηση του Μεταξά ακολούθησε το ιδεολογικό ρεύμα του Εθνικοσοσιαλισμού και τη συγκρότηση των ομοϊδεατών της εποχής του (Μουσολίνι, Χίτλερ, Φράνκο). Πολλές εκτοπίσεις, φυλακίσεις, λογοκρισία, απαγόρευση κυκλοφορίας εντύπων και αστυνομοκρατία ήταν το αποτέλεσμα αυτής της πολιτικής.
Η εξωτερική πολιτική ήταν διχασμένη αλλά προσανατολισμένη στον άξονα Αγγλίας – Γερμανίας, για διαφορετικούς λόγους, (ιδεολογικούς και οικονομικούς). Τελικά είχε επιλεγεί μία πολιτική ουδετερότητας. Οι προκλήσεις όμως των Ιταλών, βύθισης της Έλλης και οι απειλές της Ιταλίας, σηματοδότησαν την διακοπή των φιλικών σχέσεων με τις δυνάμεις του άξονα. Έτσι το βράδυ της 28ης Οκτωβρίου 1940, η απάντησή του στους εισβολείς, ήταν και πατριωτική και γενναία. Ο Γ. Σεφέρης, θα γράψει ένα χρόνο αργότερα μετά τον ξαφνικό θάνατο του Μεταξά, “Όταν ήρθε η 28η, δεν μπορούσε να ιδεί ότι τότε μόνο, και όχι στις εορτές του Σταδίου, ολόκληρος ο λαός ήταν μαζί του, μαζί με την απάντηση που έδωσε στον Grazzi, την αυγή. Δεν μπόρεσε να καταλάβει ότι η ημέρα εκείνη δεν επικύρωνε αλλά καταργούσε την 4η Αυγούστου.”