Γόνος της Κυκλαδίτικης αρχοντικής οικογένειας των Μαυρογένηδων. Ο πατέρας του Δημήτριος Μαυρογένης ήταν υποπρόξενος της Αυστρίας. Ο γιος του Ιωάννης έζησε μεταξύ Γερμανίας και Αυστρίας εκπροσωπώντας την Υψηλή Πύλη ως αξιωματούχος. Έτσι του δόθηκε η ευκαιρία να γνωριστεί με Έλληνες της διασποράς ποτισμένους με τις ιδέες του διαφωτισμού της Γαλλικής επανάστασης και της απελευθέρωσης της Ελλάδας. Ήταν φίλος και συμμετείχε στον επαναστατικό κύκλο του Ρήγα Φεραίου. Μυήθηκε στην Γερμανική Στοά “Το μυστικό των τριών Βασιλέων” της Κολωνίας το 1806. Τα περισσότερα μέλη αυτής της Στοάς ήταν αξιωματικοί και έμποροι, όπως αναφέρουν παλαιά αρχεία.