Ο κατά κόσμον Πέρλογλου Φώτιος, σπούδασε στην Ιερά Θεολογική Σχολή των Ιεροσολύμων απ΄ όπου και αποφοίτησε με άριστα. Το 1873 χειροτονήθηκε διάκονος. Ξεχώρισε σύντομα για τα προσόντα του, έγινε Αρχιμανδρίτης και ανέλαβε τα καθήκοντα του Αρχιγραμματέα της Ιεράς Συνόδου του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων. Το 1882 εξελέγη σε ηλικία 29 ετών Πατριάρχης Ιεροσολύμων, αλλά μετά από προσφυγή άλλων ιερέων ακυρώθηκε η εκλογή του και πικραμένος απεσύρθη στην Ιερά Μονή Σιναίου. Το 1891 επέστρεψε στην Ιερουσαλήμ και ο Πατριάρχης Γεράσιμος τον διόρισε Αρχιγραμματέα και Πρόεδρο της Οικονομικής επιτροπής. Το 1897 χειροτονείται Αρχιεπίσκοπος Φιλαδελφείας και κατόπιν Μητροπολίτης Ναζαρέτ. Η προσωπικότης το ήθος, η παιδεία του και η ρητορική του δεινότης ήταν εντυπωσιακή. Ο Αυτοκράτωρ της Γερμανίας τον παρασημοφόρησε κατά την επίσκεψή του στους Αγίους Τόπους.

Το 1899 ο Φώτιος εξελέγη παμψηφεί Πάπας και Πατριάρχης Αλεξανδρείας. Το έργο που προσέφερε ήταν μεγάλο, αναφέρουμε την ίδρυση και κάλυψη περιοχών της Αιγύπτου με νέους ναούς και Μητροπόλεις. Την δημιουργία Πατριαρχικού τυπογραφείου, σχολές εκπαίδευσης (Ζερβουδάκειο Σχολή, Σαλβάγειο Εμπορική σχολή), με πολιτιστικούς συλλόγους (Πτολεμαίος κ,α.) Επίσης εξέδωσε εκκλησιαστικά και επιστημονικά περιοδικά (Πάνταινος και Εκκλησιαστικός Φάρος).

Κατά τη διάρκεια της Πατριαρχείας του, διακρίθηκε για τα πατριωτικά του αισθήματα, ενώ ενίσχυσε παντοιοτρόπως τον Μακεδονικό Αγώνα. Ο Φώτιος ως μεγάλος εκκλησιαστικός ηγέτης εκπροσώπησε την Ορθοδοξία σε Παγκόσμιες εορταστικές εκδηλώσεις και συνέδρια. Δυστυχώς και αιφνιδίως όδευσε προς την Αιωνία Ανατολή στην επιστροφή του προς την Αλεξάνδρεια από επίσκεψή του στην Σουηδία. Όλος ο Ελληνισμός τον έκλαψε και τον τίμησε με τριήμερο προσκύνημα.

Η Ελληνική Πολιτεία τον τίμησε με τον Ταξιάρχη του Βασιλικού Τάγματος του Σωτήρος.