Ο Εμμανουήλ Ξάνθος γεννήθηκε το 1772 στην Πάτμο και σπούδασε στην τοπική Πατμιάδα Σχολή. Σε ηλικία 20 ετών μετανάστευσε στην Τεργέστη, όπου αρκετοί Πάτμιοι άκμαζαν στο εμπόριο και επιδόθηκε και ο ίδιος στο εμπόριο επί 18 χρόνια. Το 1810 εγκαταστάθηκε στην Οδησσό, κοντά στον μεγαλέμπορο Βασίλειο Ξένη. Το 1812 ταξίδεψε στην Κωνσταντινούπολη για εμπορικές υποθέσεις του Ξένη και τον επόμενο χρόνο στην Πρέβεζα και την Πάργα, με σκοπό την αγορά ελαιολάδου. Κατά την επιστροφή του μέσω των Επτανήσων μυήθηκε στη Λευκάδα στον τεκτονισμό.

Για την καλύτερη εκπλήρωση του έργου του, τον Δεκέμβριο του ίδιου έτους ο Ξάνθος εγκαταστάθηκε στην Κωνσταντινούπολη, όπου το κατάστημά του έγινε ουσιαστικά η μυστική έδρα της Φιλικής Εταιρείας. Μετά τη διεύρυνση του ηγετικού κύκλου της με την εισδοχή του Παναγιώτη Αναγνωστόπουλου (1816), του Αθανασίου Σέκερη (1818) κ.ά., ο Ξάνθος κατείχε στην ιεραρχία την όγδοη θέση.

Ο Εμμανουήλ Ξάνθος τιμήθηκε με τον Χρυσό Σταυρό του Σωτήρος για τις υπηρεσίες του προς το έθνος και του απονεμήθηκε ένα επίδομα, το οποίο ουδέποτε έλαβε.

Στην κηδεία του, του αποδόθηκαν τιμές στρατηγού. Το 1930 στήθηκε ανδριάντας του στην Πλατεία Φιλικής Εταιρείας στο Κολωνάκι.