Σπούδασε μουσική αρχικά στη Φιλαρμονική Εταιρεία Κερκύρας , κατόπιν στο Ωδείο Αθηνών και με υποτροφία του Ιταλικού κράτους στην Ιταλία. Έπαιζε τρομπέτα ως μουσικός ορχήστρας. Διετέλεσε καθηγητής χάλκινων πνευστών στο Ελληνικό Ωδείο. Ήταν βασικό στέλεχος της ΚΟΑ, από το 1943 έως 1968. Πρωτοπόρος εθνομουσικολόγος με πολλή μεγάλη προσφορά. Μέλος της Ε.Λ.Σ και των Φιλαρμονικών Αθηνών και Πειραιώς. ‘Ηταν επίσης μέλος της Εταιρείας Ελλήνων Λογοτεχνών.

Τιμήθηκε για το έργο του από το Πατριαρχείο Αλεξανδρείας. Δημιούργησε μία πλούσια μουσική βιβλιοθήκη με 2500 τόμους. Επίσης συνέλεγε πολύτιμα μουσικολογικά στοιχεία για την Ελληνική Μουσική Δοξολογία, μουσικά έργα Ελλήνων Συνθετών (1300), προγράμματα μουσικών εκδηλώσεων και πλήθος φωτογραφιών. Εξέδωσε δύο μοναδικές συλλογές στο είδος τους, με τίτλο Αρχείο Νεοελληνικής Μουσικής και Αρχείο Συνθέσεων Ελλήνων Μουσουργών. Το 1958 ένα άλλο πολύτιμο βιβλίο Νεοελληνική Μουσική. Το 1967 εξέδωσε άλλο ένα βιβλίο μελέτης, Μελέτης για ένα Ιστορικό Αρχείο Νεοελληνικής Μουσικής. Όλο το τεράστιο αρχείου του δωρίθηκε στο κράτος και ευρίσκεται σε ειδική αίθουσα της Εθνικής Βιβλιοθήκης, ως Αρχείο Μοτσενίγου. Επίσης καθιερώθηκε ένα σημαντικό μουσικό Βραβείο στο όνομά του , από τη σύζυγό του Λίτσα Παπά Μοτσενίγου, το οποίο απονέμεται από την Ακαδημία Αθηνών σε ταλαντούχους Έλληνες μουσικούς.