Γόνος της Μακεδονικής οικογένειας πολιτικών και πατριωτών. Σπούδασε Νομικά στο Πανεπιστήμιο των Αθηνών. Έλαβε μέρος ως εθελοντής στον ατυχή πόλεμο του 1897 όπου συμμετείχε με τον γαμπρό του, τέκτονα , Παύλο Μελά. Ύστερα από επιτυχείς εξετάσεις γίνεται δεκτός στην διπλωματική υπηρεσία και τον Νοέμβριο του 1902 τοποθετήθηκε υποπρόξενος στο Μοναστήρι στην Δυτική Μακεδονία. Από τη θέση του υποπροξένου εργάστηκε σκληρά για την οργάνωση των ορθοδόξων κοινοτήτων της Δυτικής Μακεδονίας απέναντι στον αυξανόμενο Βουλγαρικό επεκτατισμό και μέσα στην παραπαίουσα Οθωμανική Αυτοκρατορία που είχε όμως ακόμη αρκετά ισχυρούς μηχανισμούς καταστολής.
Μετά τον τραγικό θάνατο του Π. Μελά αφοσιώθηκε στην διοργάνωση του Μακεδονικού αγώνα και των αντιστασιακών οργανώσεων (Μακεδονικό κομιτάτο). Η ιδεολογία του Τεκτονισμού ενώνει την εποχή εκείνη τον Ίωνα Δραγούμη και τον Αθανάσιο Σουλιώτη Νικολαΐδη και ιδρύουν την επαναστατική ”Οργάνωση Θεσσαλονίκης”. Συνεργάζονται με τον Μητροπολίτη Γερμανό Καραβαγγέλη και τον Πρόξενο Λ. Κορομηλά.
Το 1905 επισκέφθηκε την Αλεξάνδρεια, συνδέθηκε στενά με την Πηνελόπη Δέλτα . Ο Ίων το 1907 επισκέπτεται τα προξενεία της Ανατ. Μακεδονίας της Ρωμυλίας και της Θράκης, οργανώνει και εμψυχώνει τους Ελληνικούς πληθυσμούς. Το 1908 υπηρετεί ως Γραμματέας της Ελληνικής Πρεσβείας στην Κωνσταντινούπολη. Εκεί τον βρίσκει η επανάσταση των Νεοτούρκων. Οι ιδέες για μια Βαλκανική Ανατολική Αυτοκρατορία αναβιώνουν. Μέσα σε ένα τέτοιο μόρφωμα οι λαοί θα λειτουργούσαν ελεύθερα και ισότιμα. Δυστυχώς οι αρχικές εξαγγελίες των Νεοτούρκων σύντομα εγκαταλείπονται και εμφανίζεται ένα σκληρό, καθαρά νέο τουρκικό πλέον κράτος. Με τον Σουλιώτη ιδρύουν την ”Οργάνωση Κωνσταντινουπόλεως” και προσπαθούν να προσεταιρισθούν ομοϊδεάτες μιας Οθωμανικής ελίτ, υπό τον Πρίγκιπα Σεμπαχεδίν.
Υπηρετεί το 1909 -1910 στις πρεσβείες της Ρώμης και του Λονδίνου. Ιδρύει τον ”Εκπαιδευτικό Όμιλο”, δημοτικιστής μάχεται για το γλωσσικό. Συμμετέχει στους Βαλκανικούς πολέμους και υπηρετεί στο επιτελείο του Βασιλέως Κωνσταντίνου Α΄. Συντάσσει το πρωτόκολλο παράδοσης της Θεσσαλονίκης το 1912. Η ιδεολογία του Δραγούμη εμφανίζεται μέσα από τα γραπτά του Εθνικοπατριωτική. Αυτό θα του δημιουργήσει προβλήματα με τους Βενιζελικούς. Εξέδωσε το περιοδικό Πολιτική Επιθεώρηση με αντιβενιζελική στάση. Συνεργάτης του περιοδικού Νουμάς με το ψευδώνυμο ”Ιδας”.
Το 1914 ως Πρεσβευτής στην Πετρούπολη διαχειρίστηκε επιτυχώς το θέμα του Αγ. Όρους . Το 1916 εκλέχτηκε ανεξάρτητος βουλευτής Φλωρίνης. Ένα χρόνο αργότερα εξορίστηκε με άλλους πολιτικούς στην Κορσική, επιστρέφει το 1919 και εκτοπίζεται στη Σκόπελο. Έχει γνωρίσει τον μεγάλο έρωτα της ζωής του την μεγάλη ηθοποιό Μαρίκα Κοτοπούλη. Το 1920 ο Βενιζέλος χάνει τις εκλογές και λίγους μήνες μετά γίνεται απόπειρα δολοφονίας του Βενιζέλου στο Παρίσι. Ο τυφλός φανατισμός του εθνικού διχασμού έφερε αντανακλαστικά την αποτρόπαια εν ψυχρώ δολοφονία του Ίωνα από παρακρατικούς, φίλα προσκείμενους στον Ελ. Βενιζέλο. Στην οδό Βασ. Σοφίας στα Ιλίσια, απέναντι και διαγώνια από το Hilton, σε ανάμνηση της στυγερής αυτής πράξης έχει στηθεί μία μαρμάρινη στήλη, όπου χαράχτηκαν οι στίχοι του φίλου του Κ. Παλαμά, (Νεκρική Ωδή γραμ. 8.8.1920) Λευκή, ας βαλθή όπου έπεσες, κολώνα, Πως έπεσες, γραφή να μην το λέει, λευκή, με της Πατρίδας την εικόνα. Μόνο εκείνη ταιριάζει να σε κλαίει, βουβή, μαρμαρωμένη να σε κλαίει.
Ο Δραγούμης υπήρξε ένας οραματιστής ενός μεγαλοϊδεατικού εθνικισμού ειρηνικής συνεννόησης και συμβίωσης λαών, καθόλου επιθετικός. Άφησε ένα αξιόλογο έργο εκτός από τα πάμπολλα κείμενα σε περιοδικά και εφημερίδες. Σταχυολογούμε : Μαρτύρων και ηρώων αίμα, Σαμοθράκη, Όσοι ζωντανοί. κ.α